Quand une épidémie de peste réapparaît en 1545, le soupçon se porte sur quelques personnes qui forcément avouent, sous la torture, avoir enduit les serrures de quelques maisons d’une pommade mortelle, mêlée de « venin » pris sur un corps mort de la peste. Les procès en sorcellerie sont déjà présents dans la Genève de Calvin, même si l’on sait qu’ils ne se développeront et ne s’étendront vraiment qu’un peu plus tard dans toute l’Europe catholique et protestante des années 1580 jusqu’au milieu du XVIIe siècle. Et le souhait du Réformateur de voir, par exemple, que les « engraisseurs de peste » aient les mains coupées plus rapidement par le bourreau et que les condamnés au bûcher soient d’abord étranglés avant d’être brûlés vifs, ne dit pas réellement s’il s’agit là d’une mesure de relative clémence ou s’il s’y exprime le désir involontaire d’une atrocité ajoutée au supplice imposé par le Magistrat.

La traque des hérétiques et des opposants
Parmi les ennemis de Calvin, Nicodémites1, athées, anti-trinitaires et libertins spirituels2, il en est un qui se trouve jusque dans le cercle même des proches du Réformateur : Jérôme Bolsec, met en cause, en 1551, l’affirmation de la prédestination. Il comparaît devant le Petit conseil et est finalement banni en décembre 15513. Et c’est ici la même logique de prévention qui agit contre les fauteurs de « peste », peste théologique cette fois, au point que la lutte contre l’hérésie, aidée là encore par le Magistrat, se montre sans faille pour préserver l’intégrité de l’Église et celle de la doctrine évangélique.
Sans conteste, l’un des enjeux du débat est en premier lieu de savoir si l’homme peut acquérir quelque mérite par ses propres actions pour obtenir le salut ou bien si le salut, au nom même de la prédestination, ne vient vraiment que de Dieu seul. Mais avec Bolsec, bien d’autres personnes mettent en question la prédestination. C’est par conséquent l’autorité même de Calvin et la vérité de son projet réformateur et « civilisationnel » à Genève qui se trouvent contestées. Les enjeux du débat sont alors en même temps d’ordre ecclésial, social et politique : le consistoire4 et le Magistrat peuvent-ils rester muets devant ces critiques et devant ces remises en cause d’une doctrine et de leur propre légitimité dans la cité ?

L’affaire Servet
Coupable du crime d’hérésie et brûlé en effigie le 17 juin 1553 par le tribunal de l’inquisition à Vienne dont il s’est échappé, Servet sera « bruslé tout vyfs » à Genève, le 27 octobre 1553, sur ordre du Conseil, et ses livres seront brûlés dès le lendemain.
Cinq siècles après, le temps n’est pas encore venu de la grâce pour le « procureur » de Genève… et ce temps viendra-t-il même un jour ? Comme si le symbole que constitue ce bûcher avait attiré sur lui, en une commune pensée des hommes, toutes les violences et les haines de ce XVIe siècle de furie religieuse.
Le procès de Servet ne se transforme-t-il pas en effet, dès qu’on l’évoque, en une sorte de procès de Calvin ? Mais alors n’est-ce pas au risque, pour ceux qui l’instruisent encore aujourd’hui à distance, de faire l’impasse sur toute l’histoire religieuse de cette époque, et sur fond d’une morale rétrospective rassurante mais vraiment anachronique ?
La responsabilité de Calvin est pourtant nettement engagée. Qu’il s’agisse de vaincre la crainte et le danger d’une déstabilisation de la Genève réformée, qu’il faille éradiquer l’horreur de l’hérésie et combattre la négation de la trinité ou qu’il soit impératif de faire jeu égal avec Rome en matière de sévérité doctrinale et juridique, aucune justification évangélique ne trouvera ici sa raison d’être.

1. Les « Nicodémites » sont ceux qui, d’après Calvin et à l’image de Nicodème, personnage de l’évangile de Jean, hésitent à exprimer publiquement leur foi et leur choix.
2. Cf. « Calvin », Olivier Millet, op.cit. p. 88s.
3. Il publiera en 1577 « Histoire de la vie, mœurs, actes, doctrine de Jean Calvin » qui sera la principale source de la légende noire de Calvin.
4. Cf. le rôle important du Consistoire en matière de contrôle des comportements, des mœurs et des opinions